目的 基于生物信息學(xué)探究地榆( Sanguisorbae Radix,SR)改善小鼠潰瘍性結(jié)腸炎的機(jī)制。
方法 利用 R 語言對高通量基因表達(dá)數(shù)據(jù)庫(GEO)中 GSE92415 數(shù)據(jù)集進(jìn)行潰瘍性結(jié)腸炎(UC)差異表達(dá)基因篩選和加 權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析(WGCNA),并結(jié)合 FerrDb 數(shù)據(jù)庫,獲得 UC 相關(guān)鐵死亡特征基因。 對特征基因進(jìn)行蛋白互 作分析(PPI)和相關(guān)性分析,篩選 UC 鐵死亡核心基因。 構(gòu)建葡聚糖硫酸鈉(DSS)誘導(dǎo)的 UC 小鼠模型,并灌胃給 予 SR 水提物 9 d,記錄疾病活動指數(shù)(DAI)和結(jié)腸長度,采用 HE 染色法觀察結(jié)腸組織病理變化,酶聯(lián)免疫吸附測 定法(ELISA)檢測小鼠結(jié)腸組織炎癥因子腫瘤壞死因子(TNF)?α、白細(xì)胞介素-6(IL?6),生化試劑盒檢測脂質(zhì)過氧 化因子丙二醛(MDA)、谷胱甘肽(GSH)水平,免疫熒光法檢測結(jié)腸組織閉鎖小帶蛋白 1(ZO?1)表達(dá),蛋白免疫印跡 法(Western blot)檢測結(jié)腸組織過氧化物酶體增殖物激活受體 γ(PPARG)、溶質(zhì)載體家族 7 成員 11(SLC7A11)和谷 胱甘肽過氧化酶 4(GPX4)蛋白表達(dá)。
結(jié)果 通過生物信息學(xué)篩選得到 9 個 UC 相關(guān)鐵死亡特征基因,其中核心基 因?yàn)?PPARG。 相關(guān)性分析發(fā)現(xiàn) PPARG 與鐵死亡高度相關(guān)。 結(jié)合生物信息學(xué)篩選結(jié)果,探討 SR 改善小鼠 UC 的機(jī) 制,實(shí)驗(yàn)結(jié)果發(fā)現(xiàn),SR 可降低 UC 小鼠 DAI 值,緩解結(jié)腸縮短,改善腸道粘膜屏障功能,對 TNF?α、IL?6、MDA、GSH 水平有顯著回調(diào)作用,并可提高結(jié)腸組織 PPARG、SLC7A11 和 GPX4 蛋白表達(dá)。
結(jié)論 鐵死亡與 UC 密切相關(guān),SR 可通過影響 PPARG 和 SCL7A11 / GPX4 蛋白,進(jìn)而改善 UC 小鼠結(jié)腸上皮損傷和功能障礙,為 UC 治療策略提供了 思路與方向。
閱讀原文:地榆通過影響PPARG和SLC7A11/GPX4表達(dá)減輕潰瘍性結(jié)腸炎小鼠損傷.pdf